Ο Άγιος Ιννοκέντιος γεννήθηκε στις 26 Αυγούστου 1797 στο χωριό Ανζίσκογιε της Σιβηρίας της επαρχίας Ιρκούτσκ, από πτωχούς και ευσεβείς γονείς, τον Ευσέβειο και τη Θέκλα.
Το κατά κόσμον όνομά του ήταν Ιωάννης, προς τιμήν του Αγίου Ιωάννου, Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως του Νηστευτού. Σπουδάζει στο εκκλησιαστικό σεμινάριο του Ιρκούτσκ και ένα χρόνο πριν τελειώσει τις σπουδές του, το 1817, νυμφεύεται την Αικατερίνα, θυγατέρα ιερέως.
Στις 13 Μαΐου του ιδίου έτους χειροτονείται διάκονος και διορίζεται στο ναό του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου Ιρκούτσκ. Στις 28 Μαΐου 1821 ο Άγιος χειροτονείται πρεσβύτερος.
Μετά από λίγο, το 1823, αναχωρεί με την οικογένειά του για την Αμερική. Φθάνει στο νησί Ουναλάσκα, στην Αλάσκα, και αρχίζει το ιεραποστολικό του έργο.
Μαθαίνει την γλώσσα των Αλλεούτιων σε σύντομο χρονικό διάστημα και χωρίς αργοπορία μεταφράζει λειτουργικά κείμενα και περικοπές της Αγίας Γραφής.
Στην συνέχεια συντάσσει την πρώτη γραμματική της γλώσσας των ιθαγενών και συνεχίζει το ιεραποστολικό συγγραφικό έργο του.
Στα δέκα χρόνια της παραμονής του στην Ουναλάσκα δεν έμεινε ούτε ένας ιθαγενής ειδωλολάτρης. Η ιεραποστολή προχώρησε και στην ευρύτερη περιοχή.
Πέρασαν έτσι δεκαπέντε ολόκληρα χρόνια. Ο Άγιος επιστρέφει με την οικογένεια στην Μόσχα το 1838 και τοποθετείται στον καθεδρικό ναό Ευαγγελισμού της Θεοτόκου στο Κρεμλίνο. Όμως, στις 25 Νοεμβρίου 1835 ανήμερα στην εορτή της, η πρεσβυτέρα Αικατερίνη πεθαίνει.
Ο Άγιος με την συμβολή του Μητροπολίτου Μόσχας Φιλαρέτου, κείρεται μοναχός στις 27 Νοεμβρίου 1840 και λαμβάνει το όνομα Ιννοκέντιος, προς τιμήν του Αγίου Ιννοκεντίου του Ιρκούτσκ.
Η κουρά του έγινε από τον ίδιο τον Μητροπολίτη Μόσχας. Στις 13 Δεκεμβρίου 1840 εκλέγεται Επίσκοπος Καμτσάτκας, Κουρίλλων και Αλλεουτίων Νήσων, ενώ συγχρόνως του δίδεται η κανονική εξουσία για όλες τις απομακρυσμένες ιεραποστολικές περιοχής.
Η έδρα του ήταν η πόλη Σίτκα. Το έργο του στην Αλάσκα είναι τεράστιο. Εργάζεται μέσα σε ένα αφάνταστα δύσκολο περιβάλλον, διατρέχοντας τις παγωμένες εκτάσεις και κινδυνεύοντας συνεχώς.
Η ίδρυση σχολείων αποτελεί κύριο μέλημά του. Γράφει γι αυτό, το 1845, στον Μητροπολίτη Μόσχας Φιλάρετο: «Προσπάθησα να διδάξω όλα τα παιδιά του Θεού. Αν οι Αλλεουτιανοί με αγαπούν, το κάνουν μόνο γιατί τους έχω διδάξει».
Την ίδια περίοδο, με απόφαση της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ρωσίας, η Επισκοπή του Αγίου Ιννοκεντίου επεκτείνεται περιλαμβάνοντας στους κόλπους της όλη τη Γιακουτία και η έδρα μετατίθεται από την πόλη Σίτκα στο Γιακούτσκ της Σιβηρίας.
Εκεί ακολουθούν νέοι ιεραποστολικοί αγώνες. Ο Άγιος Ιννοκέντιος είναι πλέον 70 ετών και έχει χάσει τις σωματικές του δυνάμεις, υποφέροντας πολύ από τα μάτια του.
Η επιθυμία του είναι να παραιτηθεί και να εγκαταβιώσει σε κάποιο μοναστήρι. Όμως ο Θεός, που κηδεμονεύει την ιστορία του κόσμου, οικονόμησε αλλιώς τα πράγματα. Στις 25 Μαΐου 1868 εκλέγεται Μητροπολίτης Μόσχας.