Ο Όσιος Αρσένιος γεννήθηκε στα Ιωάννινα στις 31 Ιανουαρίου του έτους 1800 μ.Χ. και ονομαζόταν Αθανάσιος.
Από μικρή ηλικία έμεινε ορφανός και σε ηλικία εννέα ετών μετέβη στις Κυδωνίες της Μικράς Ασίας, όπου σπούδασε στην ονομαστική σχολή της πόλεως έχοντας ως σχολάρχη τον περίφημο διδάσκαλο ιερομόναχο Γρηγόριο Σαράφη.
Από μικρή ηλικία έμεινε ορφανός και σε ηλικία εννέα ετών μετέβη στις Κυδωνίες της Μικράς Ασίας, όπου σπούδασε στην ονομαστική σχολή της πόλεως έχοντας ως σχολάρχη τον περίφημο διδάσκαλο ιερομόναχο Γρηγόριο Σαράφη.