Ο Άγιος Παφνούτιος έζησε στα χρόνια του αυτοκράτορα Διοκλητιανού (284-305 μ.Χ.). Όταν αυτός κήρυξε διωγμό κατά των χριστιανών, ο έπαρχος Αρριανός ξεκίνησε να συλλάβει τον Παφνούτιο μέσα στίς ερημιές της Αιγύπτου, όπου ζούσε.
Αλλά αυτός έρχεται και συναντά μόνος του τον Αρριανό, που διέταξε να βασανισθεί ο Παφνούτιος επί τόπου. Ξέσχισαν τις σάρκες του μέχρι του σημείου να φαίνονται τα εντόσθια του.
Ο Παφνούτιος προσευχήθηκε και, εντελώς θαυματουργικά, οι πληγές του έκλεισαν με αποτέλεσμα να πιστέψουν στο Χριστό οι δύο στρατιώτες που τον βασάνισαν.
Ο Αρριανός αποκεφάλισε τους δύο στρατιώτες, και τον Παφνούτιο τον έριξε στη φυλακή. Εκεί, συνάντησε 40 προκρίτους που ήταν έγκλειστοι γιατί καθυστερούσαν τους φόρους προς το δημόσιο, και κατάφερε να τους κάνει χριστιανούς.
Το έμαθε ο Αρριανός και οργισμένος τους έκαψε όλους ζωντανούς, αλλά ο Παφνούτιος με θαύμα έγινε άφαντος από τα μάτια του.
Και, αφού εν τω μεταξύ έφερε πολλούς στη χριστιανική πίστη, παρουσιάζεται μόνος του στον Αρριανό, που διέταξε να τον κομματιάσουν.
Και ενώ ο Αρριανός πήγε να τον δει κομματιασμένο νεκρό, τα κομμάτια του σώματος ενώθηκαν και ο Παφνούτιος, ζωντανός μπροστά του, του λέει: «Με γνωρίζεις, Αρριανέ; Όλα αυτά τα περί εμέ θαυμάσια, πραγματοποιεί ο Κύριος μου Ιησούς Χριστός, δια να ελέχθη η ασέβεια σου, δια να εννοήσης ότι, πολέμων προς αυτόν, λακτίζεις προς κέντρον, δια να καταλάβεις ότι λατρεύεις κωφά και τυφλά είδωλα κατασκευασμένα από ύλην άναίσθητον».
Το θαύμα έγινε αφορμή να πιστέψει ένα ολόκληρο τάγμα στρατιωτών. Στην απελπισία του ο Αρριανός, έστειλε τον Παφνούτιο στη Ρώμη, όπου έλαβε σταυρικό θάνατο. Η Εκκλησία τιμά την μνήμη τους και στις 25 Σεπτεμβρίου.